Arsinoé en conflit avec sa sœur la reine Cléopâtre, cette dernière s'était réfugiée vers -45dans le sanctuaire du temple d'Artémis à Ephèse, en Asie mineure En -41, Cléopâtre convainc le général romain Marc Antoine, avec qui elle règne alors, de faire assassiner sa sœur Arsinoé IV. Sa tombe est surnommée l'Octogone en raison des huit colonnes de style corinthien qui l'entourent.
Cléopâtre avait aussi une demi sœur .Bérénice IV que le roi Ptolémée XII fit assassiner .